Na segunda temporada novos mutantes apareceram, como o Fera e os Recrutas Novos, Homem de Gelo, Boom Boom, Magma, Múltiplo, Lupina, Mancha Solar, Míssil, Jubileu e Frenético. Jean tem sua mutação evoluída e perde o controle, mas no final, Vampira absorve uma dose do poder e tudo fica bem. Mística adquire a identidade de Misty Wilde, uma estudante do colégio de Bayville que é a melhor amiga da Vampira. Ela quebra a segurança da Mansão Xavier e rouba os arquivos do Cérebro com a ajuda do jovem Arcade, amigo de Lince Negra. Usando esses arquivos, ela descobre Wanda Maximoff, a Feiticeira Escarlate, filha de Magneto. Antes de terminar a temporada, o telepata Mesmero abre uma das três portas que liberta Apocalipse. Episódios Com Média de 50Mb.Episódio 01 - Dores do Crescimento
Episódio 02 - Sobretensão
Episódio 03 - Bada-Bing Bada-Boom
Episódio 04 - Diversão
Episódio 05 - A Fera de Bayville
Episódio 06 - À Deriva
Episódio 07 - Tempestade Africana
Episódio 08 - Passeios
Episódio 09 - Nas Asas do Anjo
Episódio 10 - Andando na Corda Bamba
Episódio 11 - Operação Renascimento
Episódio 12 - O Incrível Mésmero
Episódio 13 - Dança das Sombras
Episódio 14 - Retirada
Episódio 15 - O Fator Feiticeira
Episódio 16 - Dia do Ajuste de Contas – Parte I
Episódio 17 - Dia do Ajuste de Contas – Parte II
